首先在留资格认定证明书相当于居留许可，要在申请签证前取得，是在日本超过3个月滞留所必须要申请的（部分公派留学除外），只有在留资格申请被许可，才有资格在日本长期滞留。

留学签证指以留学生的身份入境，入境后自动失效，也就是说，签证在入境后就没用了。

总之就是，要先拿到在留资格才可以去办理签证，在入境之后，是依靠在留资格来获取留学生身份。