巴拿马运河归巴拿马共和国所有，并由该国的ACP（巴拿马的ACP）管理，后者是国民政府的一部分。ACP由国家“拥有”，并作为独立公司运营。董事会由巴拿马政府选举。运河上没有股东或私人利益。运河的“所有权”由美国政府于1999年底转让。

　　在运河开通后的几年里，美国和巴拿马就运河及其周围运河区的控制权关系日益紧张。1964年，巴拿马人在被禁止在运河区将本国国旗悬挂在美国国旗旁边后发生了骚乱。暴力事件发生后，巴拿马暂时中断了与美国的外交关系。1977年，美国总统吉米·卡特(Jimmy Carter)和巴拿马将军奥马尔·托里霍斯(Omar Torrijos)签署协议，于1999年将运河控制权移交给巴拿马，但授予美国使用军事力量保卫这条水道的权利，以防止其中立地位受到任何威胁。尽管一些政客反对美国放弃对运河的控制权，美国参议院还是在1978年以微弱优势批准了《托里霍斯-卡特条约》。1999年12月，运河的控制权和平移交给巴拿马，自那以后，巴拿马人一直对运河负责。