2016年夏季残疾人奥林匹克运动会的女子50米蝶泳比赛于9月9日至12日于奥林匹克水上运动中心举行，共分为3个级别。
比赛模式
进行转池时，运动员必需将身体其中一部分接触泳池边的墙壁才可以转身继续余下的比赛。
预赛成绩最快的8位运动员将会晋级至决赛。如果于第8名出现2位运动员有相同的完成时间，则需要进行加赛以决定晋级的运动员。
如果预赛少于8位运动员，而比赛又认为是可以继续进行，则会直接进行决赛而不进行预赛。
详细的残障分级规则及方法可以参阅IPC的网页。
运动员的服装、泳式的规定可以参阅IPC的网页。
以下时间为南美标准时间（UTC-3）。
| 日期
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时间
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回合
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| 9月9日 |
10:00 |
预赛（S6级）
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| 18:18 |
决赛（S6级）
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| 9月10日 |
10:11 |
预赛（S5级）
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| 18:03 |
决赛（S5级）
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| 9月12日 |
11:48 |
预赛（S7级）
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| 20:08 |
决赛（S7级）
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世界纪录
本届比赛前，该项目的世界及奥运会纪录如下：
S5级：
| 世界纪录 |
奥廖娜·阿科皮扬（乌克兰） |
00:40.51 |
中国北京 |
2008年9月13日
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| 奥运会纪录 |
奥廖娜·阿科皮扬（乌克兰） |
00:40.51 |
中国北京 |
2008年9月13日
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S6级：
| 世界纪录 |
奥克萨娜·海尔（乌克兰） |
00:35.48 |
葡萄牙丰沙尔 |
2016年5月7日
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| 奥运会纪录 |
奥克萨娜·海尔（乌克兰） |
00:36.05 |
英国伦敦 |
2012年9月7日
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S7级：
| 世界纪录 |
马洛里·魏格曼（美国） |
00:33.81 |
美国俾斯麦 |
2012年6月16日
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| 奥运会纪录 |
黄敏（中国） |
00:34.47 |
中国北京 |
2008年9月13日
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比赛结果
S5级
预赛
第一组
第二组
决赛
S6级
预赛
第一组
第二组
决赛
S7级
预赛
第一组
第二组
决赛
