2016年夏季残疾人奥林匹克运动会的男子50米蛙泳比赛于9月14日于奥林匹克水上运动中心举行，共分为2个级别。
比赛模式
进行转池时，运动员必需将身体其中一部分接触泳池边的墙壁才可以转身继续余下的比赛。
预赛成绩最快的8位运动员将会晋级至决赛。如果于第8名出现2位运动员有相同的完成时间，则需要进行加赛以决定晋级的运动员。
如果预赛少于8位运动员，而比赛又认为是可以继续进行，则会直接进行决赛而不进行预赛。
详细的残障分级规则及方法可以参阅IPC的网页。
运动员的服装、泳式的规定可以参阅IPC的网页。
以下时间为南美标准时间（UTC-3）。
| 日期
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时间
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回合
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| 9月14日 |
10:17 |
预赛（SB2级）
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| 10:26 |
预赛（SB3级）
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| 19:09 |
决赛（SB2级）
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| 19:17 |
决赛（SB3级）
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世界纪录
本届比赛前，该项目的世界及奥运会纪录如下：
SB2级：
| 世界纪录 |
李庭申（中国） |
00:55.02 |
德国柏林 |
2016年6月11日
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| 奥运会纪录 |
Arnulfo Castorena（墨西哥） |
00:56.27 |
希腊雅典 |
2004年9月23日
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SB3级：
| 世界纪录 |
铃木隆行（日本） |
00:48.49 |
中国北京 |
2008年9月11日
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| 奥运会纪录 |
铃木隆行（日本） |
00:48.49 |
中国北京 |
2008年9月11日
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比赛结果
SB2级
预赛
第一组
第二组
决赛
SB3级
预赛
第一组
第二组
决赛
